Sejak dipecah dari Desa Karangharjo tanggal 1 Oktober 1994, Desa Harjomulyo sudah mempunyai Kepala Desa antara lain ;
- A.GUNAWAN ( 1987-2000 )
Beliau adalah Kepala Desa pertama di era kepemimpinannya jarang mengadakan pertemuan-pertemuan untuk membahas kemajuan Desa dan pada tanggal 18 Juli 2000, Desa Harjomulyo di bawah kepemimpinannya mengadakan pesta demokrasi pemilihan Kepala Desa pertama.
- KATUN HERIYANTO ( 2000-2008 )
Beliau adalah Kepala Desa kedua dan pertama hasil pilihan rakyat secara langsung.
- MULYONO, SH
Mulyono,SH adalah pejabat sementara untuk mengisi dan mempunyai tugas khusus untuk menyelenggarakan Pemilihan Kepala Desa ( Beliau menjabat hanya sekitar 3 bulan 3 hari ) berakhir tanggal 06 Desember 2008.
- KATUN HERIYANTO ( 2008-2012 )
Beliau ini terpilih lagi menjadi Kepala Desa yang kedua kalinya setelah mengalahkan putranya sendiri dalam Pemilihan Kepala Desa.
- SURAHMAD,SAP
SURAHMAD,S.AP adalah pejabat sementara untuk mengisi dan mempunyai tugas khusus untuk menyelenggarakan Pemilihan Kepala Desa ( Beliau menjabat hanya sekitar 10 bulan 3 hari ) berakhir tanggal 03 Desember 2012
- KARTONO ( 2012-2018).
Beliau terpilih menjadi Kepala Desa ketiga setelah mengalahkan ACH. ZAINI dalam Pemilihan Kepala Desa.
- Drs. SURYADI
Drs. SURYADI adalah pejabat sementara untuk mengisi dan mempunyai tugas khusus untuk menyelenggarakan Pemilihan Kepala Desa ( Beliau menjabat hanya sekitar 9 bulan 20 hari ) berakhir tanggal 23 Oktober 2019
- KARTONO ( 2019-2025).
Beliau terpilih menjadi Kepala Desa ketiga setelah mengalahkan RIYANTO dalam Pemilihan Kepala Desa